后勤保障处是学校党委和行政领导下的服务保障机构，为教学、科研及师生提供日常保障与服务，负责未央校区房屋管理、水电气暖设施设备运行与维护、公共区域保洁绿化、师生餐饮服务、学生公寓管理、房屋及基础设施维护、车辆运输等工作。承担学校房改委员会办公室、橘泉苑物业管理委员会职能。

1951年，学校设事务处。事务处下属有会计室、供应室、事务室。配有事务主任、事务员、会计、出纳、伙食管理员各1人，保管员2人、炊事员10人，共17人。

1954年，事务处下设总务股、伙食股、财务股、实验股、卫生室、托儿所，总计41人。

1955年，按中等专业学校章程规定，撤销事务处，成立总务科。

1960年，增设膳食科和生产科，与总务科在总务长领导下开展工作。生产科负责师生参加生产劳动的安排管理和农场的生产管理工作。

1962年，省卫生干部进修学院停办，又恢复为总务科，撤销了膳食科和生产科。总务科下设有供应科、伙管室、会计室、动物饲养室。

1968年，校革委会成立后，设立了总务组。

1972年12月，又恢复总务科。

1982年，成立基建办公室。

1983年，成立总务处，卫生所划归院办公室。

1984年4月，总务处下设总务科、财务科、伙食科。

1989年，增设基建科，卫生所改称卫生保健科，改属总务处领导。

1991年3月，总务处下设总务科、财务科、伙食科、基建科、保健科，总计后勤人员共62人。

1994年7月，总务处下设伙食科、财务科，财务科工作由校长直接领导；撤销总务科、基建科、保健科、基建科改为基建办（临时机构），保健科改为卫生所（科级）。

1997年1月，学校通过《深化后勤改革方案的报告》，总务处成立总务办公室，设置饮食服务中心、能源动力中心、基建维修中心、运输服务中心、卫生保健中心、校园管理办公室，明确“办公室”为管理型科室，“中心”为经营性服务实体。

1999年12月，学生公寓管理办公室更名为学生公寓管理科，隶属主管校长领导。

2001年3月，学校成立“陕西医学高等专科学校后勤服务公司”，按照《陕西医学高等专科学校后勤社会化改革方案》，公司下设物业管理中心、动力及维修中心、饮食服务中心、卫生保健中心、运输中心。

2001年5月，撤销总务处、公寓管理科，设置后勤管理处。

2003年10月，成立基本建设管理处，基本建设职能从后勤管理处分出。

2006年8月，成立含光校区管理处，后勤管理处下设房产管理科，后勤服务公司同后勤管理处合并。

2007年4月，学校行政机构设置确定后勤保障处下设：动力科、房管科、学生公寓科、环卫科、运输服务中心、饮食服务中心、卫生保健中心，含光校区管理处与后勤保障处合署办公。

2008年6月，更名为后勤保障处，增设医疗保险办公室（挂靠卫生保健中心）。含光校区管理处与后勤保障处不再实行合署办公的管理体制，由学校进行垂直管理。

2009年6月，撤销后勤保障处卫生保健中心，成立西安医学院校医院，后勤保障处下设办公室。

2013年10月，学校党政机构设置方案确定，后勤保障处下设：办公室、动力科、房管科、学生公寓科、环境卫生科、运输科、饮食科。

2025年12月，后勤保障处共有编制人员16人，人事代理1人，人才派遣13人，临聘人员60人，合计91人。